Pour la coupe du monde 2006 en Allemagne, Adidas, équipementier de la FIFA, a fourni un nouveau ballon pour la compétition, Teamgeist (« esprit d’équipe »), n’a que 14 découpages et donc une surface plus lisse et plus sphérique, permettant au joueur une meilleure précision de frappe. En 2011, un collectif baptisé Esprit Malherbe fait son apparition. En 2011, un poste de directeur sportif salarié est mis en place, tenu par l’ancien professionnel et entraîneur du club de 2009 à 2011, Maurice Bouquet. Ligue Élite de Rugby a mis en place un championnat semi-professionnel dans les années 2000, permettant de rehausser le niveau du championnat national dont la quasi-totalité des clubs de l’Élite est située dans le sud. Depuis le 23 mars 1947, le stade porte le nom de Marcel Deflandre, président du club au moment de la fusion entre les clubs de rugby à XIII et à XV de la ville, imposée par le régime de Pétain. Le Stade Marcel Deflandre affichera même complet pour la 80 ème fois consécutive en Top 14 en mai 2023 pour la réception du Stade Français dans le cadre de la dernière journée du championnat, établissant ainsi le nouveau record de matchs joués à guichets fermés par un club.
Les travaux de la tribune Port Neuf (5529 places) se sont achevés pour la demi-finale face à Oyonnax début mai 2010. C’est lors de la réception de Toulon le 1er septembre 2010 que le stade était pour la première fois comble : près de 12 300 personnes étaient alors présentes dans l’enceinte. À l’intersaison, la capacité de l’enceinte avait été augmentée de 1000 places grâce à l’agrandissement de la tribune qui avait été, par la même occasion, couverte et dotée d’une loge panoramique collective. Les premières couleurs régimentaires ont été présentées par la marquise de Dufferin et d’Ava (en) le 24 mai 1874 lors d’une parade tenue à Rideau Hall à Ottawa. Les victoires de l’équipe de France enthousiasment les spectateurs et projettent l’image d’une France unie. En Coupe d’Europe 2021-2022, les Rochelais éliminent l’Union Bordeaux Bègles en huitième de finale après deux victoires (aller 13-31, retour 31-23). Les Maritimes écartent en quart de finale le Montpellier HR (31-19) puis le Racing 92 (20-13) en demi-finale.
Pour la deuxième année consécutive, le Stade rochelais est en finale cette fois-ci contre les Irlandais du Leinster quadruple champion d’Europe et vainqueur du Stade toulousain tenant du titre. L’UEFA autorise les publicités sur les maillots en coupes d’Europe des clubs à partir de 1982, sauf pour les finales où l’interdit est levé en 1995. La FIFA interdit en revanche les publicités sur les maillots des équipes nationales. En 1973, la formule du championnat de France est redéfinie et composée de deux groupes de 32 clubs chacun. L’année suivante, il atteint la finale de la coupe de France, match perdu face au Paris Saint-Germain, mais est relégué en Division d’honneur. La saison suivante, le Stade rochelais est en finale de Champions Cup pour la troisième année consécutive et pour la deuxième fois, les Rochelais affrontent les Irlandais du Leinster, cette fois-ci à Dublin en Irlande. Il est composé d’un centre d’entraînement professionnel, d’un centre de formation et d’un centre d’entraînement des équipes. Pour la saison 2008-2009, le club doit abandonner le statut professionnel ainsi que l’agrément de son centre de formation. Les « jaune et noir » rejoignent ainsi le Lyon OU, qui avait assuré sa montée directe en remportant le championnat de Pro D2 à l’issue de la saison régulière.
Il y a 90 ans, le 19 septembre 1926, le Parc des sports de Port-Neuf et futur stade Marcel-Deflandre devenait le terrain de jeu officiel des jaune et noir. Il a été construit sur la plaine des jeux Colette Besson dans le quartier Port-Neuf à La Rochelle pour un investissement de 7 M d’€. En août 2016, elle est la capitaine de l’équipe de France qui atteint les quarts de finale des Jeux olympiques, éliminée par le Canada. La SAOS « Atlantique Stade rochelais » est créée, dont l’association Stade rochelais reste l’actionnaire majoritaire avec 98% des parts. Le 21 septembre 2002 : Inauguration de la nouvelle tribune Atlantique (2990 places). Le 9 septembre 2017 : Inauguration de la nouvelle tribune Apivia (3859 places) et date de la première fois où le stade Marcel-Deflandre accueillait 16000 personnes. Dans le cadre de son programme de développement « Écrire notre histoire 2020 » le Stade rochelais s’est doté d’un centre d’entraînement pour ses équipes, il ouvre en 2017 et est baptisé Apivia Parc centre de performance. La première semaine est marquée par le succès de la Once lors du contre-la-montre par équipes, ce qui lui permet de placer ses leaders Igor González de Galdeano et Joseba Beloki aux deux premières places, alors qu’un duel entre Erik Zabel et Robbie McEwen se dessine pour le maillot vert.